В зависимости от нерестового субстрата, условий развития и размножения среди енисейских рыб выделяют несколько экологических групп: литофилы, фитофилы и псамофилы. Рыбы, которые откладывают икру на каменисто-галечные грунты в реках и озерах, называются литофилами. Икра этих рыб развивается в условиях достаточной обеспеченности кислородом (голец, хариус,осетр, таймень, ленок, омуль, сиг, чир, ряпушка и др.).

Щука, плотва, окунь, лещ, карась и многие другие рыбы, размножающиеся в стоячей и слаботекучей воде, выметывают икринки на прошлогоднюю и вегетирующую растительность. За приуроченность к растительному субстрату их относят к группе фитофильных рыб. Псаммофилы откладывают икру на песок, прикрепляя ее к корешкам растений (сибирский голец, пескарь).

Большинство енисейских рыб принадлежат к литофильной группе, поскольку каменисто-галечные грунты в верхнем и нижнем Енисее превалируют и занимают огромные площади. Представители других экологических групп - пелагофилы, выметывающие икру в толщу воды, и остракофилы, откладывающие икру в мантийную полость моллюска, в реках и озерах бассейна Енисея отсутствуют.