Попытки составления перечня видов рыб водоемов бассейна р. Енисея предпринимались неоднократно. Они делались в разное время, с различной степенью глубины изучения вопроса, который и по настоящее время нельзя считать исчерпанным. Последней, наиболее полной, сводкой о рыбах Енисея является работа А.В. Подлесного, опубликованная в 1958 г. Согласно ей в р. Енисее обитает 42 вида и подвида рыб и рыбообразных.

В 60-70-х годах практически одновременно с зарегулированием стока Енисея проводились работы по акклиматизации рыб. Данный процесс был направлен в основном на формирование состава ихтиофауны в создаваемых водохранилищах. Некоторые виды рыб внедрялись осознанно, преднамеренно: байкальский омуль, пелядь, лещ, карп - в Красноярское водохранилище; кета, горбуша, форель - в озера юга края (оз. Большое, Белё) и рыбоводные хозяйства края. Другие проникли самостоятельно - горбуша из Карского моря, амурский сом из Братского водохранилища по Ангаре и верховка при зарыблении озер. Результаты акклиматизации заметно повлияли на состав ихтиофауны многих водоемов бассейна Енисея.

Поэтому на сегодняшний день ихтиофауна р. Енисея, с учетом всех изменений, происшедших за последние 40 лет, включает 46 видов и подвидов рыб и 1 вид рыбообразных, относящихся к 14 семействам и 32 родам.