Нередко в озерах, заливах водохранилищ, затишных участках рек можно заметить довольно значительные участки с водой зеленоватого цвета. Это происходит в результате развития огромного количества сине-зеленых водорослей, имеющих, наряду с хлорофиллом, пигмент фикоциан, который и придает растениям сине-зеленую окраску. Именно эти водоросли способствуют изменению окраски воды. Подобное явление называется цветением воды. Массовое размножение водорослей ухудшает питьевые качества воды, придает ей различные запахи и привкусы. По мнению ряда исследователей, токсины сине-зеленых водорослей опасны для беспозвоночных, рыб и других водных животных. Однако существует и другое мнение, согласно которому растительноядные рыбы в значительных количествах поедают сине-зеленые водоросли без какого-либо вреда для себя, предпочитая их диатомовым и зеленым.