Все стороны современной деятельности человека являются источником всевозможных видов загрязнения. Вырубка лесов, осушение и орошение земель, изменение гидрографической сети, урбанизация территории, промышленные и бытовые стоки, удобрения, детергенты, пестициды влекут за собой изменения режима водных экосистем.

Развитие атомной промышленности (радиоактивные осадки, захоронение ядерных отходов, сбросы ядерных электростанций) ведет к радиоактивному заражению водоемов, с последующей аккумуляцией радиоактивных веществ в теле рыбы как непосредственно из воды, так и из объектов их питания.

Сбросные воды энергетических предприятий способствуют тепловому загрязнению и являются губительными для жизни гидробионтов.

Применяемые в сельском хозяйстве пестициды и удобрения попадают в водоем и создают в ряде случаев избыток минеральных веществ. Особенно опасными для водных животных являются аммиак и соли аммония, которые даже в небольших концентрациях вызывают их гибель.

С промышленными стоками в водоемы поступают тяжелые металлы, хлорорганические соединения, пестициды, нефтепродукты и многие другие вещества.

Особую опасность представляют соединения окислов азота и серы, содержащихся в выбросах ТЭЦ, автотранспорта и химических предприятий, с водой, которые выпадают в виде кислотных дождей. В водоемах падает показатель рН, что влечет за собой биологические последствия. При рН 6,5-6,0 гибнут ракообразные, моллюски, икра рыб и земноводных, при рН 6,0-5,0 наступает гибель рыб - форели, плотвы, окуня и щуки. Дальнейшее снижение рН до 4,5 и ниже приводит к уничтожению всякой жизни водоема.