В Верхнем Енисее, в самом русле и его притоках с быстрым, стремительным течением обитают рыбы с сильным, мускулистым и прогонистым телом - таймень, ленок, хариус. Рыбы с коротким, высоким телом - плотва, лещ, язь, карась в этих местах малочисленны и встречаются только в затишных местах (курьях, протоках, старицах).

По мере снижения скорости потока (ниже Енисейска) в Среднем и Нижнем Енисее высокотелые, теплолюбивые рыбы получают преимущественное развитие. Но за Полярным кругом, несмотря на спокойное течение и достаточно развитую кормовую базу, их численность постепенно уменьшается. В этих условиях полностью доминируют также высокотелые, но уже холодолюбивые сиговые рыбы, такие как муксун, чир, сиг, пелядь.

В озерах, водохранилищах, прудах, в условиях отсутствия течения обитают преимущественно высокотелые карповые и сиговые рыбы.