В верхнем течении реки из-за значительной скорости течения планктон чрезвычайно беден и представлен в основном придонными формами. В питании рыб он играет очень небольшую роль. Только от Туруханска начинает формироваться планктонный комплекс, значение его постепенно увеличивается по мере продвижения к устью, и в дельте и губе он составляет значительную часть рациона планктофагов (омуль, ряпушка, пелядь).

Основным источником питания рыб на всем протяжении Енисея является бентос, т.е. организмы, обитающие на дне или в придонном слое воды. Воздушный корм (летающие и падающие в воду насекомые), растительность составляют незначительную часть в питании рыб.