Заразные болезни вызываются живыми организмами, которые, интенсивно размножаясь в теле пораженной рыбы, переселяются затем на здоровых рыб, иногда вызывая при этом их массовую гибель.

Организмы, вызывающие болезни, называются патогенными. Человек заражается при поедании сырой, полусырой, свежемороженой, вяленой, копченой, термически плохо обработанной рыбы. Заразные болезни представляют серьезную опасность для животных и человека, причем заражаются не только местные жители, проживающие в очагах распространения опасных болезней, а также люди, которые хотя и живут вне очага этих болезней, но употребляют в пищу вяленых или малосоленых плотвичек, лещей, язей, карпов, ельцов, присланных из этих мест.

Заразные болезни могут быть инфекционными, вызываемыми вирусами, бактериями, грибами и водорослями (краснуха карпов, оспа карпов, фурункулёз, бранхиомикоз, сапролегниоз и др.), и инвазионными (ихтиофтириоз, дактилогироз, гидродактилёз, диплостомоз, тетракотилёз, лигулёз, аргулёз, эргазилёз и др.), возбудителями которых являются различные животные-паразиты - простейшие, гельминты, моллюски, ракообразные и др.

К незаразным болезням относят те болезни, которые могут быть вызваны резкими изменениями условий среды обитания (загрязнение воды, дефицит кислорода, недостаток корма, быстрое охлаждение), нарушением хода обмена веществ, авитаминозом, травматизмом и т.д. Несмотря на то, что незаразные болезни не передаются от больной рыбы к здоровой, тем не менее они могут быть массовыми, например, при общем отравлении или недостатке кислорода в водоеме.