Изменение гидрологического режима отрицательно сказалось на условиях обитания и воспроизводства многих видов рыб, существенно изменило их ареалы. Численность рыб, составляющих основу ихтиофауны в верхнем и среднем Енисее, заметно снизилась. На зарегулированном участке русла (около 700 км) таймень, тугун, хариус, ленок и елец оказались приуроченными к притокам и зонам выклинивания водохранилища. Осетр и стерлядь практически отсутствуют в русле на протяжении 400 км от Красноярской ГЭС, сохранив свое присутствие только в некоторых притоках (Кан, Мана).

В процессе формирования ихтиофауны Красноярского водохранилища доминирующее положение заняли окунь, плотва, лещ и ерш. Многие ценные рыбы - осетр, стерлядь, сиг, хариус, нельма, ранее обитавшие на этом участке, больше здесь не живут. В подпорах рек и самих реках, впадающих в водохранилище, изредка встречаются стерлядь, хариус, елец.